HPV6 L2

Accession: H002806

Protein: L2

Organism: Human papillomavirus type 6

Function

Minor capsid protein. It is required for DNA packaging. It mediates several facets of viral entry including endosomal escape after uncoating.

Mutation

4424-4500

4501-4600

4601-4700

4701-4800

4801-4900

4901-5000

5001-5100

5101-5200

5201-5300

5301-5400

5401-5500

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5601-5700

5701-5800

5801-5803

Legend:same sensemissenseinsertiondeletion

Mutation type	Position	DESC	Disease	Reference
missense	4603	A → G (T → A)	Disease: Condyloma acuminate Region : Henan, Liaoning	Ref
same sense	4732	T → C	Disease: Condyloma acuminate Region : Henan, Liaoning	Ref
missense	5218	G → A (D → N)	Disease: Condyloma acuminate Region : Henan, Liaoning	Ref
same sense	5406	G → A	Disease: Condyloma acuminate Region : Henan, Liaoning	Ref
missense	5609	T → C (L → P)	Disease: Condyloma acuminate Region : Henan, Liaoning	Ref

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Domain&Motif

method	domain/motif name	position	length	description
CDD	Late_protein_L2	4466-5779	1314	Late Protein L2;
CDD	PHA02777	4466-5773	1308	major capsid L1 protein; Provisional
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MOTIF_SCAN		5576-5587	12
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MOTIF_SCAN		5348-5356	9
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MOTIF_SCAN		4436-5779	1344
MOTIF_SCAN		4436-5779	1344
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MOTIF_SEAR_IN_PROT		4442-5425	984
MOTIF_SEAR_IN_PROT		4571-4882	312
MOTIF_SEAR_IN_PROT		5384-5749	366
MOTIF_SEAR_IN_PROT		4646-5104	459
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PROSITE_SCAN		4595-4612	18
PROSITE_SCAN		4619-4636	18
PROSITE_SCAN		4652-4660	9
PROSITE_SCAN		4739-4750	12
PROSITE_SCAN		4817-4828	12
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PROSITE_SCAN		5321-5338	18
PROSITE_SCAN		5348-5356	9
PROSITE_SCAN		5519-5530	12
PROSITE_SCAN		5576-5587	12
PROSITE_SCAN		5621-5632	12
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SBASE		4466-5779	1314
RADAR		4610-4795	186
RADAR		4799-5005	207
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RADAR		5558-5668	111
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TMPRED_SERVER		5693-5743	51
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Sequence

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atggcacatagtagggcccgacgacgcaagcgtgcgtcagctacacagctatatcaaaca　　　　　C:60
 M  A  H  S  R  A  R  R  R  K  R  A  S  A  T  Q  L  Y  Q  T 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4543
tgtaaactcactggaacatgccccccagatgtaattcctaaggtggaacacaacaccatt　　　　　C:60
 C  K  L  T  G  T  C  P  P  D  V  I  P  K  V  E  H  N  T  I 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4603
gcagatcaaatattaaaatgggggagtttgggggtgttttttggagggttgggtataggc　　　　　C:60
 A  D  Q  I  L  K  W  G  S  L  G  V  F  F  G  G  L  G  I  G 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4663
accggttccggcactgggggtcgtactggctatgttcccttaggaacttctgcaaaacct　　　　　C:60
 T  G  S  G  T  G  G  R  T  G  Y  V  P  L  G  T  S  A  K  P 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4723
tctattactagtgggcctatggctcgtcctcctgtggtggtggagcctgtggccccttcg　　　　　C:60
 S  I  T  S  G  P  M  A  R  P  P  V  V  V  E  P  V  A  P  S 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4783
gatccatccattgtgtctttaattgaagaatcggcaatcattaacgcaggggcgcctgaa　　　　　C:60
 D  P  S  I  V  S  L  I  E  E  S  A  I  I  N  A  G  A  P  E 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4843
attgtgccccctgcacacggtgggtttacaattacatcctctgaaacaactacccctgca　　　　　C:60
 I  V  P  P  A  H  G  G  F  T  I  T  S  S  E  T  T  T  P  A 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4903
atattggatgtatcagttactagtcatactactactagtatatttagaaatcctgtcttt　　　　　C:60
 I  L  D  V  S  V  T  S  H  T  T  T  S  I  F  R  N  P  V  F 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:4963
acagaaccttctgtaacacaaccccaaccacccgtggaggctaatggacatatattaatt　　　　　C:60
 T  E  P  S  V  T  Q  P  Q  P  P  V  E  A  N  G  H  I  L  I 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5023
tctgcacccactataacgtcacaccctatagaggaaattcctttagatacttttgtgata　　　　　C:60
 S  A  P  T  I  T  S  H  P  I  E  E  I  P  L  D  T  F  V  I 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5083
tcctctagtgatagcggtcctacatccagtacccctgttcctggtactgcacctcggcct　　　　　C:60
 S  S  S  D  S  G  P  T  S  S  T  P  V  P  G  T  A  P  R  P 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5143
cgtgtgggcctatatagtcgtgcattgcaccaggtgcaggttacagaccctgcatttctt　　　　　C:60
 R  V  G  L  Y  S  R  A  L  H  Q  V  Q  V  T  D  P  A  F  L 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5203
tccactcctcaacgcttaattacatatgataaccctgtatatgaaggggaggatgttagt　　　　　C:60
 S  T  P  Q  R  L  I  T  Y  D  N  P  V  Y  E  G  E  D  V  S 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5263
gtacaatttagtcatgattctatacacaatgcacctgatgaggcttttatggacataatt　　　　　C:60
 V  Q  F  S  H  D  S  I  H  N  A  P  D  E  A  F  M  D  I  I 　　　　　P:20


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cgtttgcacagacctgctattgcgtcccgacgtggccttgtgcggtacagtcgcattgga　　　　　C:60
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         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5383
caacgggggtctatgcacactcgcagcggaaagcacataggggcccgcattcattatttt　　　　　C:60
 Q  R  G  S  M  H  T  R  S  G  K  H  I  G  A  R  I  H  Y  F 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5443
tatgatatttcacctattgcacaagctgcagaagaaatagaaatgcaccctcttgtggct　　　　　C:60
 Y  D  I  S  P  I  A  Q  A  A  E  E  I  E  M  H  P  L  V  A 　　　　　P:20


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gcacaggaagatacatttgatatttatgctgaatcttttgaacctgacattaaccctacc　　　　　C:60
 A  Q  E  D  T  F  D  I  Y  A  E  S  F  E  P  D  I  N  P  T 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5563
caacaccctgttacaaatatatcagatacatatttaacttccacacctaatacagttaca　　　　　C:60
 Q  H  P  V  T  N  I  S  D  T  Y  L  T  S  T  P  N  T  V  T 　　　　　P:20


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caaccgtggggtaacaccacagttccattgtcaattcctaatgacctgtttttacagtct　　　　　C:60
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DETAIL

DOMAIN & MUTATION