HPV16 L1

Accession: H002783
Protein: L1
Organism: Human papillomavirus type 16

Function

Major capsid protein. It can form virus-like particles. It forms the pentameric assembly unit of the viral shell.

Mutation

5560-5600
5601-5700
5701-5800
5801-5900
5901-6000
6001-6100
6101-6200
6201-6300
6301-6400
6401-6500
6501-6600
6601-6700
6701-6800
6801-6900
6901-7000
7001-7100
7101-7155
Legend:same sensemissenseinsertiondeletion
show more details

Domain&Motif

method domain/motif name position length description graphical view
CDDPHA027785638-70741437major capsid L1 protein; Provisional
CDDLate_protein_L15644-70801437L1 (late) protein;
MOTIF_SCAN7027-703812
MOTIF_SCAN7081-709212
MOTIF_SCAN6028-603912
MOTIF_SCAN6283-629412
MOTIF_SCAN6658-666912
MOTIF_SCAN6820-683112
MOTIF_SCAN6961-697212
MOTIF_SCAN7090-710112
MOTIF_SCAN5593-560412
MOTIF_SCAN5704-571512
MOTIF_SCAN6433-644412
MOTIF_SCAN6631-664212
MOTIF_SCAN6682-669312
MOTIF_SCAN6826-683712
MOTIF_SCAN6874-688512
MOTIF_SCAN6970-698112
MOTIF_SCAN5947-596418
MOTIF_SCAN5965-598218
MOTIF_SCAN6151-616818
MOTIF_SCAN6472-648918
MOTIF_SCAN6526-654318
MOTIF_SCAN6601-661818
MOTIF_SCAN5752-57609
MOTIF_SCAN5920-59289
MOTIF_SCAN6643-66519
MOTIF_SCAN6697-67059
MOTIF_SCAN6886-68949
MOTIF_SCAN7126-71349
MOTIF_SCAN5560-557718
MOTIF_SCAN7090-714051
MOTIF_SCAN7090-714354
MOTIF_SCAN5638-71431506
MOTIF_SCAN5662-568827
MOTIF_SCAN5638-71431506
MOTIF_SCAN5662-568827
INTERPROSCAN5686-574863
INTERPROSCAN5821-588969
INTERPROSCAN5926-600378
INTERPROSCAN6091-614454
INTERPROSCAN6184-625572
INTERPROSCAN6286-634863
INTERPROSCAN6361-643272
INTERPROSCAN6514-658269
INTERPROSCAN6586-665166
INTERPROSCAN6724-677754
INTERPROSCAN6973-704472
INTERPROSCAN5689-70561368
INTERPROSCAN5647-71431497
INTERPROSCAN5695-70591365
MOTIF_SEAR_IN_PROT5638-71491512
MOTIF_SEAR_IN_PROT5644-71431500
MOTIF_SEAR_IN_PROT5695-578490
MOTIF_SEAR_IN_PROT5647-71431497
PROSITE_SCAN5593-560412
PROSITE_SCAN5704-571512
PROSITE_SCAN5752-57609
PROSITE_SCAN5920-59289
PROSITE_SCAN5947-596418
PROSITE_SCAN5965-598218
PROSITE_SCAN6028-603912
PROSITE_SCAN6151-616818
PROSITE_SCAN6283-629412
PROSITE_SCAN6433-644412
PROSITE_SCAN6472-648918
PROSITE_SCAN6526-654318
PROSITE_SCAN6601-661818
PROSITE_SCAN6631-664212
PROSITE_SCAN6643-66519
PROSITE_SCAN6658-666912
PROSITE_SCAN6682-669312
PROSITE_SCAN6697-67059
PROSITE_SCAN6820-683112
PROSITE_SCAN6826-683712
PROSITE_SCAN6874-688512
PROSITE_SCAN6886-68949
PROSITE_SCAN6961-697212
PROSITE_SCAN6970-698112
PROSITE_SCAN7027-703812
PROSITE_SCAN7081-709212
PROSITE_SCAN7090-710112
PROSITE_SCAN7126-71349
SBASE5638-70711434
RADAR5785-583551
RADAR5854-590451
RADAR6922-696948
RADAR6979-703860
RADAR7048-709245
TMPRED_SERVER5560-561657
TMPRED_SERVER5614-567966
TMPRED_SERVER5647-570660
TMPRED_SERVER6772-682251

Sequence

         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5619
atgcaggtgacttttatttacatcctagttattacatgttacgaaaacgacgtaaacgtt　　　　　C:60
 M  Q  V  T  F  I  Y  I  L  V  I  T  C  Y  E  N  D  V  N  V 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5679
taccatattttttttcagatgtctctttggctgcctagtgaggccactgtctacttgcct　　　　　C:60
 Y  H  I  F  F  Q  M  S  L  W  L  P  S  E  A  T  V  Y  L  P 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5739
cctgtcccagtatctaaggttgtaagcacggatgaatatgttgcacgcacaaacatatat　　　　　C:60
 P  V  P  V  S  K  V  V  S  T  D  E  Y  V  A  R  T  N  I  Y 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5799
tatcatgcaggaacatccagactacttgcagttggacatccctattttcctattaaaaaa　　　　　C:60
 Y  H  A  G  T  S  R  L  L  A  V  G  H  P  Y  F  P  I  K  K 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5859
cctaacaataacaaaatattagttcctaaagtatcaggattacaatacagggtatttaga　　　　　C:60
 P  N  N  N  K  I  L  V  P  K  V  S  G  L  Q  Y  R  V  F  R 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5919
atacatttacctgaccccaataagtttggttttcctgacacctcattttataatccagat　　　　　C:60
 I  H  L  P  D  P  N  K  F  G  F  P  D  T  S  F  Y  N  P  D 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:5979
acacagcggctggtttgggcctgtgtaggtgttgaggtaggtcgtggtcagccattaggt　　　　　C:60
 T  Q  R  L  V  W  A  C  V  G  V  E  V  G  R  G  Q  P  L  G 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6039
gtgggcattagtggccatcctttattaaataaattggatgacacagaaaatgctagtgct　　　　　C:60
 V  G  I  S  G  H  P  L  L  N  K  L  D  D  T  E  N  A  S  A 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6099
tatgcagcaaatgcaggtgtggataatagagaatgtatatctatggattacaaacaaaca　　　　　C:60
 Y  A  A  N  A  G  V  D  N  R  E  C  I  S  M  D  Y  K  Q  T 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6159
caattgtgtttaattggttgcaaaccacctataggggaacactggggcaaaggatcccca　　　　　C:60
 Q  L  C  L  I  G  C  K  P  P  I  G  E  H  W  G  K  G  S  P 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6219
tgtaccaatgttgcagtaaatccaggtgattgtccaccattagagttaataaacacagtt　　　　　C:60
 C  T  N  V  A  V  N  P  G  D  C  P  P  L  E  L  I  N  T  V 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6279
attcaggatggtgatatggttcatactggctttggtgctatggactttactacattacag　　　　　C:60
 I  Q  D  G  D  M  V  H  T  G  F  G  A  M  D  F  T  T  L  Q 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6339
gctaacaaaagtgaagttccactggatatttgtacatctatttgcaaatatccagattat　　　　　C:60
 A  N  K  S  E  V  P  L  D  I  C  T  S  I  C  K  Y  P  D  Y 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6399
attaaaatggtgtcagaaccatatggcgacagcttatttttttatttacgaagggaacaa　　　　　C:60
 I  K  M  V  S  E  P  Y  G  D  S  L  F  F  Y  L  R  R  E  Q 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6459
atgtttgttagacatttatttaatagggctggtactgttggtgaaaatgtaccagacgat　　　　　C:60
 M  F  V  R  H  L  F  N  R  A  G  T  V  G  E  N  V  P  D  D 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6519
ttatacattaaaggctctgggtctactgcaaatttagccagttcaaattattttcctaca　　　　　C:60
 L  Y  I  K  G  S  G  S  T  A  N  L  A  S  S  N  Y  F  P  T 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6579
cctagtggttctatggttacctctgatgcccaaatattcaataaaccttattggttacaa　　　　　C:60
 P  S  G  S  M  V  T  S  D  A  Q  I  F  N  K  P  Y  W  L  Q 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6639
cgagcacagggccacaataatggcatttgttggggtaaccaactatttgttactgttgtt　　　　　C:60
 R  A  Q  G  H  N  N  G  I  C  W  G  N  Q  L  F  V  T  V  V 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6699
gatactacacgcagtacaaatatgtcattatgtgctgccatatctacttcagaaactaca　　　　　C:60
 D  T  T  R  S  T  N  M  S  L  C  A  A  I  S  T  S  E  T  T 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6759
tataaaaatactaactttaaggagtacctacgacatggggaggaatatgatttacagttt　　　　　C:60
 Y  K  N  T  N  F  K  E  Y  L  R  H  G  E  E  Y  D  L  Q  F 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6819
atttttcaactgtgcaaaataaccttaactgcagacgttatgacatacatacattctatg　　　　　C:60
 I  F  Q  L  C  K  I  T  L  T  A  D  V  M  T  Y  I  H  S  M 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6879
aattccactattttggaggactggaattttggtctacaacctcccccaggaggcacacta　　　　　C:60
 N  S  T  I  L  E  D  W  N  F  G  L  Q  P  P  P  G  G  T  L 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6939
gaagatacttataggtttgtaacccaggcaattgcttgtcaaaaacatacacctccagca　　　　　C:60
 E  D  T  Y  R  F  V  T  Q  A  I  A  C  Q  K  H  T  P  P  A 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:6999
cctaaagaagatgatccccttaaaaaatacactttttgggaagtaaatttaaaggaaaag　　　　　C:60
 P  K  E  D  D  P  L  K  K  Y  T  F  W  E  V  N  L  K  E  K 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:7059
ttttctgcagacctagatcagtttcctttaggacgcaaatttttactacaagcaggattg　　　　　C:60
 F  S  A  D  L  D  Q  F  P  L  G  R  K  F  L  L  Q  A  G  L 　　　　　P:20


         .         .         .         .         .         .　　　　　G:7119
aaggccaaaccaaaatttacattaggaaaacgaaaagctacacccaccacctcatctacc　　　　　C:60
 K  A  K  P  K  F  T  L  G  K  R  K  A  T  P  T  T  S  S  T 　　　　　P:20


         .         .         .                              　　　　　G:7155
tctacaactgctaaacgcaaaaaacgtaagctgtaa                        　　　　　C:36
 S  T  T  A  K  R  K  K  R  K  L                            　　　　　P:11


Legend:gene mutationamino acid mutation

Structure&Mutation

5560
7155
Legend:HelixTurnBeta strandMutation
Feature keyPosition(s)Lengthgraphical view
Helix5629-56379
Beta strand5644-567330
Beta strand5683-570927
Beta strand5722-57309
Beta strand5737-57459
Beta strand5770-578718
Turn5797-58059
Turn5836-58449
Beta strand5845-588642
Beta strand5911-592818
Beta strand5932-594312
Beta strand5992-600918
Beta strand6016-604530
Beta strand6052-607221
Beta strand6085-60939
Beta strand6121-614121
Helix6187-619812
Helix6223-623412
Beta strand6244-625512
Helix6259-627618
Beta strand6298-632124
Beta strand6325-634824
Helix6376-63849
Turn6400-641112
Beta strand6430-644718
Turn6463-64719
Beta strand6478-649518
Beta strand6508-651912
Beta strand6523-65319
Helix6532-65409
Beta strand6547-656418
Beta strand6583-660321
Helix6628-66369
Beta strand6637-670569
Helix6712-674130
Helix6748-676215
Helix6799-683436
Turn6877-688812
Beta strand6898-690912
Helix6934-69429
Helix6946-697530

Copyright © 2017. College of Life Science, Zhejiang Sci-Tech University.