代琦   博士研究生                                                英文版

    河南人，2004年7月毕业于河南师范大学数学与信息学院，并于同年进入大连理工大学应用数学系计算数学专业攻读硕士学位。从事组合数学和计算分子生物学的研究。至2006年3月， 在参与生物信息课题组研究工作中，对组合数学，组合优化，机器学习方法，概率与数理统计，与分子生物学等知识方面积累了一定的经验。 因所在课题组接触大量国外、国内计算分子生物学发展的最新动态，对生物序列和结构有一定的感性认识，从而产生探究生物序列和结构的兴趣。 于2006年6月获得提前攻博的资格，继续在大连理工大学应用数学系应用数学专业攻读博士学位， 以数学模型在生物序列和结构比较中应用为研究课题，探索多种数学模型，已获得一些很好的应用。今后希望致力于概率统计模型与生物序列、结构等方面的研究， 兴趣也在开发与序列和结构分析有关的数学软件。

博士指导老师

    王天明，教授，博士生导师
    地址：辽宁省大连市甘井子区凌工路2号
    邮编：116024
    Email: wangtm@dlut.edu.cn
    电话: 0411-84709057
　

教育背景

  于2004.7获得 河南师范大学数学与信息科学学院学士学位
  于2006.7完成大连理工大学应用数学系计算数学专业硕士学位要求课程
  于2006.9开始攻读 大连理工大学应用数学系应用数学专业博士学位

　

社会经验

  2005.9-2006.7     担任概率与数理统计助教,主讲教师:杨彦春老师和沈玉波老师
  2006.9-2008.7     担任工科数学分析助教,主讲教师:金正国老师
  2007.7.23-8.24    被选拔为2007全国生物信息暑期学校100名正式成员，以优异的成绩完成所有课程
  2008.4.23-4.26    被被邀请参加 BIT Life Sciences's 1st Annual Protein and Peptide 会议

　

研究兴趣

   1）Mplusd    
    一个生物序列分析的综合软件，包含四种我们提出的统计学度量。这些方法都是基于马尔可夫模型和字统计模型有效的结合。本软件可以用于数据库搜索，调控序列的识别和 进化分析
   2）SMPS-SS    
    本软件是一个蛋白质分析的综合软件,它包含已有和我们提出的 六种统计方法。而且我们第一次提出蛋白质空间的构建思想，并将它成功地应用于统计方法的构建之中。 此软件可以用于蛋白质家族分类和基于蛋白质的进化分析

参与完成基金项目

   1）数学方法在计算分子生物学中的应用。国家自然科学基金，基金号：10571019
   2）计算分子生物学中若干数学问题。交叉学科建设专项建设基金数学+X

合作作者

   1) Damir Vukicevic。Department of Mathematics Faculty of Natural Sciences and Mathematics, University of Split, HR-21000 Split, Croatia
   2）姚玉华，  浙江理工大学
   3）刘琦，    浙江大学
   4）杨建华，  中山大学

1. Qi Dai*, Yanchun Yang, Tianming Wang. Markov model plus k-word distributions: A synergy that produces novel statistical measures for sequence comparison, Bioinformatics, 2008, doi: 10.1093/bioinformatics/btn436

2. Qi Dai*, Tianming Wang. Comparison study on k-word statistical measures for protein: from sequence to 'sequence space'. BMC Bioinformatics, 2008, revised

3. Qi Dai*, Tianming Wang. Use of linear regression model to compare RNA secondary structures, Journal of Theoretical Biology, 2008, 253(4):854-60

4. Qi Dai*, Tianming Wang. Use of statistical measures for analyzing RNA secondary structures, Journal of Computational Chemistry, 2008, 29: 1292-1305

5. Yuhua Yao, Qi Dai, Xu-Ying Nan, Ping-An He, Zuo-Ming Nie, Song-Ping Zhou, Yao-Zhou Zhang. Analysis of similarity/dissimilarity of DNA sequences based on a class of 2D graphical representation , Journal of Computational Chemistry, 2008, 29: 1632-1639

6. Yuhua Yao, Qi Dai, Chun Li, Ping-An He, Xu-Ying Nan, Yao-Zhou Zhang. Analysis of similarity/dissimilarity of protein sequences, Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2008, 10.1002/prot.22110

7. Qi Dai*, Xiaoqing Liu, Tianming Wang. C(i,j) matrix: A better numerical characterization for graphical representations of biological sequences, Journal of Theoretical Biology, 2007, 247: 103-109

8. Qi Dai*, Xiaoqing Liu, Tianming Wang, Vukicevic, Damir. Linear regression model of DNA sequences and its application, Journal of Computational Chemistry, 2007, 28: 1434-1445

9. Qi Dai*, Xiaoqing Liu, Tianming Wang. Analysis of protein sequences and their secondary structures based on transition matrices. Journal of Molecular Structure-THEOCHEM, 2007, 803: 115-122

10. Qi Dai*, Xiaoqing Liu, Tianming Wang. Numerical characterization of DNA sequences based on the k-step Markov chain transition probability . Journal of Computational Chemistry, 2006, 27: 1830-1842

11. Qi Dai*, Xiaoqing Liu, Tianming Wang. A novel 2D graphical representation of DNA sequences and its application. Journal of Molecular Graphics & Modelling, 2006, 25: 340-344

12. Xiaoqing Liu, Qi Dai, Zhilong Xiu, Tianming Wang, PNN-curve: A new 2D graphical representation of DNA sequences and its application. Journal of Theoretical Biology, 2006, 243: 555-561